의료법인이 의료업에 사용하기 위한 건물을 취득한 경우 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지

의료법인이 고유목적사업인 검체검사사업에 사용할 목적으로 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임

[회신] ｢법인세법 시행령｣ 제56조 제6항을 적용함에 있어 의료법인이 고유목적사업인 검체검사사업에 사용할 목적으로 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 같은 항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제29조의2 제1항 제1호에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우 의료법인에는 ｢의료법｣ 제3조의 규정에 의한 병원 및 의원이 모두 해당되는 것입니다. 1. 사실관계 ○ AA(이하 “질의법인”이라 함)은 의료법에 따라 설립된 비영리법인으로 검체검사사업부와 건강검진사업부를 운영하고 있음 ○ 검체검사사업부는 의료법 상 병원*이 아닌 의원(진단검사의학과, 병리과)이며 외래환자를 진료하지 않음 - 검체검사사업부는 주로 종합병원으로부터 코로나 PCR 검사, 혈액검사 등을 위탁받아 수행하고 검사결과를 제공하고 있음 * 의료법 제3조의2 【병원 등】 병원·치과병원·한방병원 및 요양병원(이하 "병원등")은 30개 이상의 병상(병원·한방병원만 해당) 또는 요양병상(요양병원만 해당하며, 장기입원이 필요한 환자를 대상으로 의료행위를 하기 위하여 설치한 병상)을 갖추어야 한다. ○ ’22년 중 검체검사사업 확장(검사센터 신축)을 목적으로 토지를 취득하여 현재 건축 중에 있으며, 22년 12월에 임차중인 건물도 취득함 - 질의법인이 취득한 토지 및 건물은 검체검사를 수행할 목적으로 사용될 예정임 2. 질의내용 ○ 의료법 상 병원이 아닌 경우에도, 의료업에 사용하기 위해 지출한 건물·토지의 취득금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지 * 영 제56조 제6항 제3호, 규칙 제29의2조 제1항 제1호에 따라 의료법인이 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 봄 3. 관련법령 ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다. 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조 에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액 가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액 다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 ○ 법인세법 시행규칙 제29조의2 【의료기기 등의 범위】 ① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다. 1. 병원 건물 및 부속토지 2. 「의료기기법」에 따른 의료기기 3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 4. 산부인과 병원ㆍ의원 또는 조산원을 운영하는 의료법인이 취득하는 「모자보건법」 제2조제10호 에 따른 산후조리원 건물 및 부속토지 ○ 의료법 제3조 【의료기관】 ① 이 법에서 "의료기관"이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업(이하 "의료업"이라 한다)을 하는 곳을 말한다. ② 의료기관은 다음 각 호와 같이 구분한다. 1. 의원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다. 가. 의원 나. 치과의원 다. 한의원 2. 조산원: 조산사가 조산과 임산부 및 신생아를 대상으로 보건활동과 교육·상담을 하는 의료기관을 말한다. 3. 병원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다. 가. 병원 나. 치과병원 다. 한방병원 라. 요양병원( 「장애인복지법」 제58조제1항제4호 에 따른 의료재활시설로서 제3조의2의 요건을 갖춘 의료기관을 포함한다. 이하 같다) 마. 정신병원 바. 종합병원 ③ 보건복지부장관은 보건의료정책에 필요하다고 인정하는 경우에는 제2항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 의료기관의 종류별 표준업무를 정하여 고시할 수 있다. ○ 의료법 제49조 【부대사업】 ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다. 1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육 2. 의료나 의학에 관한 조사 연구 3. 「노인복지법」 제31조제2호 에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영 4. 「장사 등에 관한 법률」 제29조제1항 에 따른 장례식장의 설치·운영 5. 「주차장법」 제19조제1항 에 따른 부설주차장의 설치·운영 6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발·운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업 7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업 ○ 의료법 시행규칙 제60조 【부대사업】 법 제49조제1항제7호에서 "휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 제과점영업, 위탁급식영업 2. 소매업 중 편의점, 슈퍼마켓, 자동판매기영업 및 서점 2의2. 의류 등 생활용품 판매업 및 식품판매업(건강기능식품 판매업은 제외한다). 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다. 3. 산후조리업 4. 목욕장업 5. 의료기기 임대ㆍ판매업. 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다. 6. 숙박업, 여행업 및 외국인환자 유치업 7. 수영장업, 체력단련장업 및 종합체육시설업 8. 장애인보조기구의 제조ㆍ개조ㆍ수리업 9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무를 하려는 자에게 의료법인이 개설하는 의료기관의 건물을 임대하는 사업 가. 이용업 및 미용업 나. 안경 조제ㆍ판매업 다. 은행업 라. 의원급 의료기관 개설ㆍ운영(의료관광호텔에 부대시설로 설치하는 경우로서 진료과목이 의료법인이 개설하는 의료기관과 동일하지 아니한 경우로 한정한다)